本中心隸屬層級為校內一級學術中心。設置中心主任一名，綜理本中心業務，由校長延聘校內或延攬校外具副教授或副研究員以上職級之學者擔任，中心主任任期為三年一任，得續聘一任；設置「南島文化中心委員會」為最高決策會議，由中心主任擔任主席，聘請校內外學者專家擔任委員，定期因應需求召開委員會，討論本中心各項法規、發展方向與計畫執行成效。

委員會之設置辦法另訂之；聘任行政助理一名，負責中心業務與行政推動；另得視業務或承接計畫需要，設置任務編組辦理計畫執行推動工作，其設置辦法另訂之。中心主任及行政助理人事經費由本校提供。現階段依承接計畫屬性與校內相關南島研究屬性規劃研究發展組及服務推廣組。其業務內容如下：

一、研究發展組

1. 南島文化資料與研究：與史前文化博物館進行研究、社會教育與教學的合作計畫，例如針對史前館藏品的研究、展示合作以及社會教育專案合作等等。
2. 辦理與南島文化相關之研討會、工作坊與國內外的學術交流活動：舉辦文化交流展演活動，雙邊互訪交流，與外交部合作建立南太平洋與東南亞地區的文化外交工作等。
3. 南島文化媒體與傳播：推動南島民族社會與文化之媒體傳播與出版（含各種類型之媒體）：例如進行臺灣原住民族、南太平洋以及東南亞民族影片紀錄計畫、電影短片教學與攝製計畫、與原住民族電視臺合作計畫、南島文學翻譯以及出版等等。

二、服務推廣組

1. 教育與文教服務：例如原住民專門人才獎勵申請暨資料庫管理系統、學校民族教育課程輔導與成效、臺東縣原住民族部落大學、原住民族學生資源中心、婦女服務、幼保服務、老人服務等。
2. 相關應用服務：例如美術產業、文創的設計與推廣。